ワンダーレディーが破れ、バンドルガの魔手はワンダーレディーの仲間の小林博士にも迫っていた。
そして彼が絶体絶命の危機に陥ったとき、天から青い光が落ちる。
その光はスーパーレディー。
ワンダーレディーからテレパシーでSOSを受け、宇宙から駆け付けたのだった。
ワンダーレディーの死を聞いた彼女は、怒りでバンドルガたちを圧倒する。
だがそこに新しくバンドルガの手下になったウィーザが現れる。
かつてのボスをスーパーレディーに殺されたウィーザが持ってきた弱点のクリプター鉱石によってスーパーレディーは敗北し、ウィーザの拷問を受けることに。
しかし隙をついてウィーザを倒してスーパーレディーは脱出することに成功する。
そして鉱石を克服して、勝利を確信してバンドルガに戦いを挑むのだったが…。